Marlon Brando sinh ngày 3 tháng 4 năm 1924 tại Omaha, Nebraska trong gia đình của ông Marlon Brando Sr. (1895–1965]]) và bà Dorothy Pennebaker Brando (1897-1954)[1]. Năm 1935 khi Marlon được 11 tuổi thì bố mẹ cậu ly dị, một mình bà Dorothy chăm sóc cả ba đứa con, Marlon, Jocelyn (1919–2005) và Frances Brando (1922-1994), ở Santa Ana, California cho đến năm 1937 khi hai vợ chồng tái hợp và chuyển về sống tại Libertyville, Illinois, một ngôi làng phía Tây Bắc Chicago. Cha mẹ của Marlon Brando đều là những người làm về nghệ thuật, ông Marlon Sr. là một nhiếp ảnh gia nghiệp dư, còn bà Dodie là một diễn viên có tài nhưng mắc chứng nghiện rượu, chính bà là người giúp Henry Fonda bắt đầu sự nghiệp diễn viên và truyền tình yêu sân khấu cho con trai Marlon.

Brando có một tuổi thơ dữ dội, cậu bị đúp và sau đó bị đuổi khỏi trường phổ thông Libertyville High School. Ở tuổi 16, Marlon bị gửi tới Học viện Quân sự Shattuck ở Faribault, Minnesota, tại đây cậu đã chứng tỏ được tài năng nghệ thuật và sự thích ứng với môi trường học tập mới. Tuy nhiên đến năm học cuối (năm 1943) Marlon lại bị quản chế vì tội không tuân lệnh cấp trên trong một cuộc diễn tập. Theo hình phạt quản chế, Brando phải ở trong khu vực của học viện và không được phép ra ngoài, tuy vậy cậu vẫn tìm cách lẻn vào thành phố và bị bắt lại. Bị ban lãnh đạo khoa đuổi khỏi học viện, Marlon Brando nhận được sự ủng hộ từ các bạn học khi cho rằng hình phạt này quá khắc nghiệt, Brando được mời lại trường 1 năm sau đó nhưng đã quyết định không kết thúc việc học tập tại đây.

Rời khỏi trường quân sự, Marlon Brando trở được cha kiếm cho một công việc đào mương ở quê nhà nhưng quyết định lên New York lập nghiệp cùng hai chị gái. Một người chị của Brando dự định trở thành họa sĩ còn người kia tham gia diễn tại Sân khấu Broadway. Cảm thấy thích thú với nghề diễn, Brando tham gia khóa học diễn xuất của trường New School. Tại đây ông đã được học kĩ thuật diễn xuất theo Hệ thống Stanislavski do giảng viên danh tiếng Stella Adler đứng lớp.